Дослiдження мiкробiому київського метрополiтену та пошук генiв резистентностi до антибiотикiв за використання сучасних методiв метагеномiки й бiоiнформатики
Валерія Є. Канципа${}^1$, Дмитро С. Гориславець${}^2$, Тетяна В. Єськова${}^3$, Аліна О. Фролова${}^4$
${}^1$Навчально-науковий iнститут високих технологiй, Київський нацiональний унiверситет iменi Тараса Шевченка, Київ, Україна
${}^2$Iнститут молекулярної бiологiї i генетики Нацiональної академiї наук України;
Київський академiчний унiверситет, Київ, Україна
${}^3$Iнститут молекулярної бiологiї i генетики Нацiональної академiї наук України, Київ, Україна
${}^4$Iнститут молекулярної бiологiї i генетики Нацiональної академiї наук України;
Київський академiчний унiверситет, Київ, Україна
Отримано 12 травня 2025, у фiнальнiй формi 12 травня 2025, опубліковано 19 серпня 2025.
Анотація
Дослiдження мiкробiому мiського середовища є однiєю з нарiжних проблем сьогодення. Через стрiмке набуття та поширення мiкроорганiзмами генiв стiйкостi до антибiотикiв, особливий iнтерес становлять мiсця великого скупчення людей, такi як системи громадського транспорту, якi часто є осередком великої кiлькостi патогенних мiкробiв. Широкомасштабнi дослiдження таких мiкробiомiв стали можливими з розвитком технологiй секвенування й метагеномiки, що дозволило вивчати весь генетичний матерiал у певному середовищi, а також встановлювати його таксономiчний i функцiональний профiлi. Разом з тим, мiкробнi угрупування мiста Києва досi не були вивченi за допомогою повногеномного секвенування. У данiй роботi представлено результати метагеномного аналiзу зразкiв, зiбраних на п’яти пiдземних станцiях Оболонсько-Теремкiвської лiнiї київського метрополiтену: було проведено таксономiчну iдентифiкацiю мiкроорганiзмiв i здiйснено скринiнг генiв антимiкробної резистентностi. Ми встановили, що зразки мають високу загальну гомогеннiсть i основний мiкробiом, сформований переважно таксонами, притаманними для людського органiзму. Також було виявлено гени резистентностi, серед яких найбiльш поширеним є $qacG$, що ймовiрно пов’язано iз використанням дезiнфекцiйних засобiв. Результати даної роботи можуть суттєво вплинути на розумiння шляхiв поширення генiв резистентностi, а також посприяти подальшим дослiдженням середовища мiста Києва.
Ключові слова: мiкробiом; системи громадського транспорту; київський метрополiтен; метагеномiка; мiське середовище; антимiкробна резистентнiсть; бiоiнформатика.
[ pdf ] (498 kb)
[ tex ] (113 kb)
